Lo que sucede es que no estás creando copias de la propiedad config sino "referencias". Un par de ejemplos simplificados de lo que está sucediéndote:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var a={b:2}
var c=a;
c.b=9;
alert(a.b);
</script>
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var a=[];
a[0]=15;
var c=a;
c[0]=9;
alert(a[0]);
</script>