http://www.adminer.org/
Has usado alguna vez MS Acces?, es exactamente parecido, este enlace es a referencia de un gestor de base de datos, muy sencillo de utilizar
Solo ingresas tu servidor ( si s una red local pon "localhost" ), tu usuario ( si nunca lo has hecho pon "root"), y tu contraseña ( si nunca la has declarado no pongas nada).
Te mandara a un mini panel, donde primero debes crear tu base de datos, solo preocupate por el nombre, el resto lo hara la aplicacion
De ahi puedes crear tus tablas, como si fuese una hoja de excel, o el mismo MS Access, es bastante sencillo
Ahora, si quieres empezar con php, busca en internet, el manual, hay bastantes formas de hacerlo y bastante sencillo
http://php.net/manual/es/book.mysqli.php
Ahora, MySQL es solo un motor de base de datos, utiliza como si el lenguaje sql para hacer consultas, el mismo que utiliza phpmyadmin, esta apoyado con mysql, pero las sentencias son sql.
Bueno, creo que esto te podria servir bastante, cualquier duda, aqui hay un foro entero para eso!! un saludo!