Hace un echo y vas a ver que te devuelve, '/', a menos que tengas el proyecto en un subdirectorio por ejemplo /projects/myapp/index.php que te devolveria como base /projects/myapp, pero no te incluye el dominio.
Y para generar url's deberias utilizar el view helper correspondiente Zend_View_Helper_Url y cuando utilizas baseUrl le puedes pasar por parametro la uri(lo mismo vale para ServerUrl), algo asi:
Código PHP:
Ver original<a href="<?php echo $this->baseUrl('/seccion'); ?>">seccion</a>
Saludos.