Pk doble error :S

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En ese caso las dos PK son insuficientes para determinar la relación porque en realidad están representando una entidad ternaria según el modelo lógico de entidad-relación. Como las entidades ternarias no existen en el modelo físico, se debe por lo menos definir un discriminante adicional.
La solución es sencilla: En esa tabla puede darse que el movimiento de un producto sea desde el almacén A al B y del B al A, pero nunca al mismo tiempo.
Lo único que debes hacer es insertar un DATETIME para registrar cuándo se realizó la operación y agregar a ese DATETIME como parte de la clave primaria (PK) de esa tabla.
No te aconsejo que uses un autonumérico, porque entonces todo el diseño carecería de sentido. Ponle una columna DATETIME para registrar históricamente los movimientos y listo.