Lo mas seguro es que ese error se deba a que en algún momento sacaste el Pendrive sin desmontarlo y lo mas seguro es que el sistema de archivos esté corrompido, te recomiendo que uses la herramienta llamada TestDisk:
http://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk
Con esto puedes acceder a los archivos incluso si el sistema está corrompido aunque no te garantizo que recuperes el 100% de tus archivos pero dale igual y me equivoco, una vez que pases tesdisk y recuperes lo mas posible de información reparticiona la unidad, usa un LiveCD de Linux o creo que con el mismo particionador de windows se puede, solo le das formato y listo tu pendrive está listo para usarse