Realmente no era ese el problema, sino que tienes esto al principio:
Primero eliminar el efecto de magic_quotes, quitando las dobles barras resultantes en la secuencia de escape.
Despues, eliminar los caracteres que quieres.
Finalmente, escapar para usar en consulta.
Si usas stripslashes sobre una cadena ya escapada con mysql_real_escape_string() lo que vas a obtener es un riesgo de seguridad, porque tal vez elimines las secuencias de escape de mysql, o bien, tendras una serie de secuencias de escape muy extrañas, justo lo que te estaba pasando.