Hice esta comparación adicicional:
Código PHP:
$auxM = $encabezado[$i][0];
$anio = $encabezado[$i][1];
$mesCalculoP= $calculoP[$i]["Mes_Semana"];
$anoCalculoP= $anio==$calculoP[$i]["Ano_Semana"];
$mesCalculoA= $calculoA[$i]["Mes_Semana"];
$anoCalculoA= $anio==$calculoA[$i]["Ano_Semana"];
if ( isset($calculoP[$i]) && isset($calculoP[$i]["Horas"]) && ($mesCalculoP==$auxM) && ($anoCalculoP==$anio))
$auxHP= $calculoP[$i]["Horas"];
else
$auxHP = 0;
if ( isset($calculoA[$i]) && isset($calculoA[$i]["Horas"]) && ($mesCalculoA==$auxM) && ($anoCalculoA==$anio))
$auxHA= $calculoA[$i]["Horas"];
else
$auxHA= 0;
Sólo me imprime la primera posición de Actividades