Hola... mira en realidad no estoy ejecutando javascript...
sino que tengo un elemento el cual es rel="facebox" que lo tiene en este caso pagina.php y que index.php tiene todo el javascript. ahora no entiendo como a la hora de que cargue todo desde index.php solo al hacer click en el link el debe leer el documento como cualquier otro link y el javascript me debe leer el modalbox.