esa es uno de las "mejoras" que me incomoda de Gmail, trabaja en base a etiquetas en vez de carpetas, por lo menos aun no le encuentro solución por lo menos si quieres manejar el correo vía web, si de algo te sirve para aplicar filtros, ordenar por carpetas y demás puedes configurar tus correos de Gmail como POP/IMAP en Thunderbird aunque podrías usar cualquier otro cliente de correo.