Una lista, es precisamente eso, una lista de objetos que contiene un indice (numérico). Un Set, es como una lista pero que no tiene indice y no permite duplicados. Y un Map, es una lista que puede tener cualquier objeto como indice, un par llave/valor.
http://vayajava.blogspot.com/2008/05...ones-list.html
Cual deberias usar depende de lo que necesites.