Ok... mi pregunta:
Si sólo usas el php para hacer el upload con barra de progreso, quizás puedas hacerlo en Java. O cuando acabes de subir el fichero en PHP, avisar mediante GET al JSP para que siga con lo suyo.
Es decir, una página en PHP con su extensión en PHP y al acabar redirigir al JSP pasandole algun parametro que necesites vía GET.
Aqui Upload con barra de progreso en Java:
http://raibledesigns.com/wiki/Create...barDialog.html
Un saludo.