Hola,
Como no mencionas si ya has acudido a los artículos de ayuda de GoDaddy, aquí te dejo un artículo:
Uploading Files to Your Website (FTP)
http://help.godaddy.com/article/96?locale=en
Y en español:
http://help.godaddy.com/article/96?locale=es
Si por algún motivo no puedes seguir esas instrucciones, tienes dificultades o te aparece un mensaje de error, te propongo dos opciones:
1. Acudes al soporte de GoDaddy, que para eso se les está pagando.
2. Contratas o tu cliente contrata el servicio de hosting con un proveedor que sí te ofrezca soporte.