Gracias
masterpuppet, han sido de gran ayuda las respuestas. Era yo el que estaba planteando mal el tema.
Al final he metido los .phtml en la carpeta layouts, que los carga bien, y los menús, que son los que me estaban dando problemas los cargo directamente desde la carpeta script de cada módulo.
Saludos,
PD.: Cuando pase por tu tierra te invitaré a algunas cervezas
