Es cuestión de buscar un poco, tienes la función
nl2br, que te transforma los saltos de línea en <br/> para que los almacenes en la base de datos o en fichero, así, cuando los vuelvas a imprimir en PHP, sí se creará en el HTML final el salto de línea.
Esta es la solución con funciones de PHP, pero igual se te podría haber ocurrido hacer un subsrt de "\n", \r" y "\r\n", que es como se escriben los saltos de línea y retornos de carro. Vamos, digo yo.
Un saludo.
Edito: No te lo tomes a mal, pero para aprender hay que probar y confundirse y volver a probar. Si cada problema que te surge te vienes al foro no aprendes nada. Busca info, todas las funciones de PHP están en su web, no hay más que buscar, además lo tienes en castellano, ni si quiera tienes que pelearte con el inglés. Es que llevamos 41 mensajes en este post y ya te hemos solucionado como 6 problemas diferentes. Para eso te lo hago directamente y nos ahorramos tantas palabras.