Esta pregunta es demasiado general, como para poder darte algo. Se puede hacer de mil maneras, de hecho, seguro que si mil usuarios del foro te dan su solución, tendrías mil maneras diferentes de hacerlo.
Yo te remito a un manual, pero te explico cómo yo hago las cosas (que no es ni la forma mejor ni la peor, es mi forma). Cuando empiezo de cero una nueva aplicación:
1) Primero monto la base de datos, siempre. La base de datos es la base de cualquier aplicación hoy en día y es la que va a decidir, en muchos sentidos, cómo funcionará después.
2) Monto las páginas base de la aplicación sólo con HTML, ejemplos con datos estáticos (metidos a mano). Es decir, si quiero una lista de productos, pues me monto una página HTML con datos estáticos que tenga 10 productos.
3) Por último, meto el PHP en las páginas HTML, de forma que cambio los datos estáticos por datos sacados de la base de datos.
Para las cosas concretas que pides, te remito a manuales, que te guiarán mejor que yo:
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Subir imágenes de un formulario: esta solución es la más normal, creas una carpeta en el servidor donde almacenarás las imágenes y en la base de datos únicamente guardas la ruta para rescatarla después.
- Diseño de bases de datos: como comentas que no tienes clara la estructura de la base de datos, te recomiendo que te busques algún manual de diseño. No te paso ninguno, porque aquí hay miles, busca el que más te guste.
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Integrar PHP con MySQL: aquí te dejo el índice de FAQ's de este foro, en el que encontrarás cómo hacerlo.
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Dar formato a datos de consulta: esta página te viene a explicar que puedes darle el formato que desees a los datos de una consulta, usando echo's y concatenaciones, ya que el resultado de un PHP es siempre un HTML, que puedes moldear a tu gusto con el código PHP.
Un saludo.