Acabo de arreglarlo, pero sigue siendo un misterio...
Como al cargar con include("modulos/script.php");
el primer resultado salia deformado.
Pero cargando el mismo codigo del Script.php directamente en el index funcionaba...
Cree un archivo nuevo .php vació y le copie el código que contenía el script.php , le puse el mismo nombre y lo sobreescribi. Ahora funciona perfectamente.
Por que? ni p... idea.