Hola,
El problema vendría siendo si el archivo está abierto por otro proceso que no esté realizado en PHP o no tenga acceso a la base de datos. Normalmente se usa bloqueo de archivos a nivel del OS, se usa para asegurarse que el archivo no esté abierto de modo exclusivo por otro proceso o para solicitar un bloqueo exclusivo por nuestra aplicación.
Posiblemente, dependiendo de la aplicación te podría ser útil:
http://www.php.net/manual/es/function.flock.php
Saludos,