error: clause is ambiguous

[gnzsoloyo]

El campo usu esta repetido en dos tablas distintas, lo hice así para que se relacionen y les puse clave primaria a ambos campos usu.

Genial. Pero siguen perteneciendo a tablas diferentes, y MySQL no puede saber a cuál tabla te refieres.
La solución es simple: Como estás usando INNER JOIN lo único que tienes que hacer es indicar una de las dos. Por norma se indica la primera de las tablas:

Código MySQL:

SELECT * 
FROM direcciones d INNER JOIN personas p ON d.usu = p.usu 
WHERE d.usu='$usuario'