Muchas gracias, al final lo ke hice fue poner un parche para ir tirando, cuando envio el formulario le hago un htmlentities() y ahi elimino el \ con str_replace, luego lo vuelvo a codificar con html_entitydecode() y listo !!! funciona....despues vere x ke no me interpreta el escape de las comillas.
Código PHP:
$temporal = str_replace("\\","",htmlentities($_POST['ajaxfilemanager']));
$preparada = html_entity_decode($temporal);
muchas gracias otra vez