no necesariamente amigo puedes colocarlo asi:
de esa manera evitas llamadas a un solo archivo y la carga del nuke se alente, incluso puedes colocar el archivo .js en la carpeta de raiz llamada JS q tiene el Nuke y ya no tendrias que generar una ruta completa..
hace tiempo trabaje mucho con php-nuke, despues probe nuke et y ahora trabajo con wordpress y joomla, si deseas hacer una pagina personal nada mejor que wordpress..