Antes que nada cambia el password de tu cuenta ftp, actualiza los scripts que usais en vuestro sitio web, podeis solicitar que tu sitio web sea verificado y comprueben que se encuentra limpio, podeis usar la siguiente url
http://stopbadware.org/home/reportsearch
También podeis usar Google Webmaster Tools, este te ayudará en el proceso y Goole reportará cuando vuestro sitio se encuentre infectado y cuando sea limpiado.