Bucle While para crear Tabla con diferentes clases

[spider_boy]

Entonces lo que haces debería estar bien. Para depurar, haz lo siguiente :

Código PHP:

foreach($arreglo as $linea) {      
        $partes = explode(",", $linea);
 
         // Linea para depurar
         echo $partes[0] . ' => ' . $partes[1] . '<br />';
 
            if ($x == $partes[0] and $y == $partes[1]) {
                echo "<td id=\"box$x-$y,\" class=\"clase\"></td>";
            } else {
                echo "<td id=\"box$x-$y,\"></td>";
            }
 

Así podrás ver que imprime en cada loop y así mismo verás si se cumple el if que está debajo.