Tanto como decirte como solucionarlo, no puedo, pero si puedo decirte que, al menos por el momento, no es error de permisos, sino de rutas:
Cita: If you have chrooted apache and php, you will also want to put /bin/sh into the chrooted environment. Otherwise, the exec() or passthru() will not function properly, and will produce error code 127, file not found.
Esto lo encontre en el manual de PHP para
passthru()