PHP es un lenguaje intérprete de scripts. No un DBMS (Data Base Management System).
Si lo vas a resolver por PHP, estás en el foro equivocado, eso se debe tratar en el
Foro de PHP, acá la cosa es SQL y Bases de Datos.
De todos modos, en MySQL existe una forma de cargar en bloque datos a una tabla desde un archivo plano (txt, csv, etc.), usando el comando
LOAD DATA INFILE.