Hola,
Ojo que no tiene nada que ver aplicacion de windows con un webapplication. Revisate bien las opciones.
Además, si estas instalando visual studio porque hacerlo con una version tan antigua. Porque no la 2008 o 2010. Si es por cuestion de Licencias utiliza las versiones express.
http://www.microsoft.com/express
Saludos,
Jason Ulloa
Microsoft Community Contributor