Entonces tu problema no es de PHP, ya que en PHP no hay alertas ni mensajes de confirmación.
En Javascript existe una función que se llama confirm(), eso es lo que buscas.
Por cierto, en tu código, ¿para que usas Javascript dentro del enlace?
Vamos, que haces la redirección con Javascript cuando no es necesario... se supone que es el mismo efecto si colocas el enlace tal cual en el href, no en el onclick.
