Para complementar un poco lo que ya escribi intente hacer esta solución que ofrecen en este enlace de abajo.
http://es.debugmodeon.com/debate/al-...no-me-ejecutan
Basicamente utilizan una propiedad llamada var $1 = jQuery.noConflict(); que hace que no entren las versiones en conflicto. Lo intente hacer funcionar pero siguio igual. Si me pueden dar una mano para seguir tratando de solucionar el problema lo agradeceria. Como ya comente es la primera vez que utilizo el jquery y no se muy bien como funciona.
p.s. No sobra aclarar que por separado ambas aplicaciones funcionan sin problema.