Podria ser problema de permisos, pero no de carpetas, sino de usuarios, sobre todo si estas en servidor compartido.
Podrias intentar: /usr/bin/mysqldump --help >$filename
Y, si lo estas haciendo mediante
exec(), tambien puedes agregar un segundo parametro para almacenar el resultado de la ejecucion y obtener al menos un mensaje de error especifico. Obviamente, es mejor intentar comandos con resultados breves y sin guardar en archivo.