Lo que pasa es que tienes que definir bien cual es tu separador. Es imposible saber cuando termina la llave y cuando empieza el valor si no tienes bien defenido un separador.
Por ejemplo, lo correcto sería, tener en el archivo:
Y hacer un
Ahora si quieres tener una coma que no sea, el separador tendrías que idear algún método para distiguir entre coma separador y coma parte del texto.
Afortunadamente ya existen módulos, donde puedes hacer esto, checa el
modulo csv (ejemplos en el link)