Te dejo esta página que te vendrá muy bien para ver cómo recuperar rutas absolutas.
http://es.debugmodeon.com/articulo/o...cacion-en-java
Yo te diría que en vez de hacer lo de copiar el archivo, que hagas la opción que te dije, deja el archivo en una ruta relativa conocida (con los properties por ejemplo) , después recupera la ruta absoluta de un class y a partir de ella modifícala para apuntar a tu fichero.