5000 !!!!!! registros en un select!!!!
.. Quien va a ser el "humano" que recorra ese gigantesco select? ..
No sería mejor que de alguna forma clasificases esa información de tu Select para sub-dividirlos en varios selects .. o bien que en lugar de un "select box" hagas algún tipo de buscador para ese dato de ese campo partiendo de los datos de tu tabla SQL? ..
A todo esto .. no sé si aquí no lo habras puesto y en tu código sí . pero, cierra tag del </select> ...
Creo que si dices que con pocos datos te funciona .. debrías preguntar en el foro "HTML" por si existe algún límite a dicho objeto de formulario (tal vez . la memoría del própio PC que ejecuta ese navegador con esa página HTML que contiene tu MEGA-Select! ...)
Un saludo,