He ahí el meollo del asunto :
>prueba.js ---> mi javascript
Un archivo javascript (js) no puede interpretar php, debería ser un archivo con extensión php y cabecera javascript, por lo cual deberas colocar dentro de prueba.php:
Código PHP:
<?php Header("content-type: application/x-javascript"); ?>
La llamada al archivo con funciones externas deberia ser:
Código HTML:
<script type="text/javascript" src="prueba.php"></script>
De esta manera tu javascript aceptara variables php, otra cosa que me da curiosidad es no ver el session_start(); en obtenerGrafico.php pero me imagino que deberá estar antes del body. Espero que esta vez si funcione lo que deseas hacer.