NUCKLEAR muchas gracias por tu respuesta, me ha funcionado perfectamente con el siguiente código:
Código PHP:
<?php
$contenido = str_replace("#adsense#", "AQUI CODIGO ADSENSE", $contenido);
echo $contenido;
?>
En el código Adsense he puesto \ antes de cada una de las dobles comillas " y funciona bien, cambia el texto #adsense# de cada artículo por el código del bloque de anuncios de Adsense.
Un saludo!