Por si acaso, con PHP no tienes que obligatoriamente publicar etiquetas HTML, podrías crear un archivo PHP que contenga código de js y llamarlo directamente en las etiquetas script.
Es decir algo como esto
foo.php
Código PHP:
Ver original<?php
header('Content-Type: text/javascript;'); // todo lo demas que quieras hacer con PHP
$foo = 'foo';
?>
alert('<?php echo $foo; ?>');
index.html No sé si es a lo que te refieres que quieres hacer.