Hola,
Ante todo debes conocer (o recordar, no sé cual sea tu caso) que la variable superglobal $_GET es un array asociativo. Al ser así, puedes trabajar con estructuras de control como for() o foreach() para recorrer sus datos.
Con ayuda del foreach() obtienes el índice (key, clave) del arreglo y su valor para poder modificarlo de la variable original. Algo como esto:
Código PHP:
foreach($_GET as $indice => $valor){
$_GET[$indice] = encriptar($valor);
}
Espero te sea de mucha ayuda el código.