Vamos a hacerlo al revés, añadimos coma a todas las líneas y al final, quitamos la última.
Este es el último código que te mando, con lo que te he dicho ya podrías hacerlo tú, pero bueno:
Código PHP:
$query = "INSERT INTO nmvariac (var_cantid,var_codcon,var_codtra,var_ajuste,var_nummem,var_tipnom) VALUES";
for ($i = 0; $i < sizeof($concept); $i++) {
if ((isset($variac[$i])) && (!empty($variac[$i]))) {
// Añadimos una línea por cada input relleno:
$query .= " ('$variac[$i]','$concept[$i]','$ced_tra','$var_ajuste','$var_nunmen','$tipo_nom'),";
}
}
// Borramos el último caracter de la cadena, la "," que sobra:
$query = substr($query, 0, strlen($query) - 1);
echo $query;
Un saludo.