Creo que te refieres a las ventanas modal, se pueden implementar con javascript o con CSS y solo emplear javscript para ocultar y mostrar la ventana modal. Una ventana modal no es mas que un div posicionado como fixed y con un z-index muy alto. Puedes utilizar alguna librería como JQuery, prototype, mootools, etc o
este script, aunque no soy partidario de los frameworks, hay que reconocer que es el camino más rápido.