No vas mal encaminado, zink
Supongamos que A es la ventana que quieres cerrar.
Si A (pagina hija) la abristes desde una página B (pagina madre) y cierras A desde B, entonces NO te pide confirmación.
Si A es una ventana madre (no fue abierta desde otra), al intentar cerrarla te pedirá confirmación.
Por tanto, el truco que se emplea en la FAQ
Cerrar ventana sin pedir confimación (II) es engañar al navegador haciéndole creer que la ventana A fue abierta desde otra.
Un beso
