vale,
si tu archivo jQuery.js está en la carpeta js entonces debe de funcionar.
lo que te falla seguro es que apuntas al archivo jquery.js en el mismo sitio que aplicas el código. es decir, debes de dejarlo así:
Código Javascript
:
Ver original<script type="text/javascript" src="js/jquery.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$("#apDiv3").delay(5000).fadeOut("slow");
});
</script>
y si puedes meter todo esto entre las etiquetas <head></head> mejor que mejor, más organizado principalmente. la ejecución al inicio la va a hacer de la misma manera, pues $(document).ready es quien hace que se ejecute al inicio (por lo que tengo entendido, que de jquery sé lo justo para pasar el día, jejejeje)
saludos