Una vez que un archivo javascript que tiene una función ha cargado, dicha función está disponible y puede invocarse desde cualquier lado, incluso desde un archivo javascript diferente.
Tu inconveniente puede deberse a un problema de scope o a querer usar la función antes de que el archivo que la contiene haya cargado.
También hay que tener en cuenta que las funciones pueden ser declaradas o asignadas y que eso, por la naturaleza del lenguaje (o mejor dicho por el orden de evaluación), puede producir resultados adversos. Por ejemplo, esto producirá un error:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
algo();//error: algo is not a function
var algo=function(){alert(123);}//función asignada a variable algo
</script>
En cambio esto funcionará sin problemas:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
algo();//123
function algo(){alert(123);}//función declarada
</script>