eso se debe a que has configurado tu server con una sola regla, o tantas reglas de empate que tengas, y lo usual es que en tus peticiones hacia AJAX te refieras directamente al archivo, por lo que también podrías crear reglas para las peticiones AJAX.
si no puedes hacerlo, tienes la opción de que tu servidor no empate la url si es que coincide con un archivo verdadero (recuerda que el objetivo de las url amigables
es proporcionar url ficticias), y eso lo puedes lograr en apache con:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
(tus reglas)
PD: a lo sumo en los links de tus
Assets (archivos de imagen, css, js, y links hacia peticiones ajax) debes de anteponer un "/", para hacer referencia al inicio del site, y si está compartido el nombre del mismo, ejemplo:
pagina_requerida.open ('GET',
'/'+url, true);
pagina_requerida.open ('GET',
'/misitio_compartido/'+url, true);