Gracias ya solucione el 1er problema con las rutas ya las lee y las crea de no existir, lo siguiente es que cree el archivo con el valor de la variable CEDULA (ced) y lo estoy haciendo asi:
Código PHP:
Ver originalcopy( $_FILES [ 'file' ][ 'tmp_name' ], $Ruta . '/' .$_POST["ced"].'.'.$_FILES [ 'file' ][ 'type' ]);
Pero no esta funcionando