Creo que podria ser asi:
Luego en tus tablas mas o menos asi:
Cita: Lineas:
IdLinea (PK)
Descripcion
Trayectos:
IdTrayecto (PK)
IdLinea (FK)
Descripcion
Paradas:
IdParada (PK)
...
ParadasTrayectos:
IdParadaTrayecto (PK)
IdParada (FK)
IdTrayecto (FK)
Orden
Descripcion
...
Autobus:
IdAutoBus (PK)
IdLinea (FK)
...
Recorrido:
IdRecorrido (PK)
IdAutoBus (FK)
Localizacion
Minutos
Distancia
IdSiguienteParada
....
Saludos