Mira nunca vi una opcion de crear gif xD en after effect, si queires crear un gif tienes que hacerlo en photoshop, lo que podrias hacer es crear tu video en after de lo que queres que sea Gif, luego darle exportar>secuencia de imagenes.
las imagenes las metes a photoshop y abres la ventana animador, ventana>animacion.
ahi ordeanas tu animacion, luego Archivo>Guardar para Web y dispositivos.
ahi escoges Formato .GIF y ya configuras lo que queres, luego aceptar y guardar.
Ahora: para tu recortada es con maskaras.
en las herramientas de diseño de after effect , abajo de la herramienta de menu (archivo,etc) ahi hay un pluma con eso puedes hacerlo o a su lado hay un forma de cuadrado o rectaculo la cual es una maskara a ese tamaño.
con eso creas una maskara a lo que queres ver.(las maskaras ocultan todo lo que no estra dentro de ellas)
Haber si te sirve.
aka hay un video de como uso maskara para hacer un fondo y corto una parte. fijate esa parte.
http://www.youtube.com/all_comments?v=6Wu6WzK442I