Hola como no veo ningun codigo imagino lo que puede ser
prueba..
setcookie("nombre_cookie", $valor, $tiempo_expiracion, "/");
donde el 4 valor "/" es la ruta a la que la cookie se aplica. al poner solo / .. se aplica a todas las carpetas.
mas info.....
http://php.net/manual/es/function.setcookie.php
espero que te sirva