ertomasillo:
Si las páginas que cargas en el iframe son de otro dominio, es poco o nada lo que podés controlar con javascript o css.
Hay técnicas un poco más elaboradas leyendo el contenido de las páginas con php, y reemplazando código con preg_replace(), o usando cURL
un ejemplo un poco desprolijo
Código PHP:
Ver original<?php
$handler = curl_init("http://www.google.es"); echo "<style>body {background-color: red !important;}</style><base href='http://www.google.es/'><base target='destino'>";
?>
<iframe name="destino" width="500" height="400" src=""></iframe>
Cargamos la página de Google.es, le cambiamos el color de fondo y hacemos que lo links carguen en un iframe que esta debajo
aunque bien el base target='destino' podría ser "_self" o "_blank", etc
Saludos