Porque Netbeans hace todo el trabajo por ti.
Los .java son archivos de texto con el código, que luego se compila en .class, que es lo que permite ejecutar programas.
Lo que te he puesto es que si tú en web.xml tienes puesto <url-pattern>/login</url-pattern>, el servlet se llamará con
Cita: /trazabilidadIngeteamPaneles/login
y aquí <servlet-class>Logica.login</servlet-class> tienes que del fichero Login, incluyendo los paquetes a los que pertenece.
paquete1.paquete2.Login
Necesitas repasar conceptos básicos de java y JSP, lo de no saber la diferencia entre un .class y un .java indica que te vas a encontrar con muchos problemas en tema web.