0 0 * * * php -c /ruta/a/el/php.ini /ruta/al/archivo.php > /ruta/archivo.log
guardará la salida del comenado en el archivo.log que hayas especificado, tambien es posible enviar el resultado vía email con algo como:
0 0 * * * php -c /ruta/a/el/php.ini /ruta/al/archivo.php | mail -s "Asunto"
[email protected]
espero te sirva