felcapo:
hice 2 cosas para probar, agregue las scripts llamandolas directamente a mi server, y comente la script para eliminar el borde.
Al llamar a las js certifica, seguia viendose bien, y al comentar la script de eliminación del margen, aparecio un pequeño borde de aproximadamente 1px en color blanco. Lo que siginifica que esa script cumple con su cometido, pero de ninguna manera te corrige ese margen amplio en blanco que se ve en tu server.
http://emprear.com.ar/test/margeie.html
Pero insisto en que esto debe tener algo que ver
Y por lo último que preguntas. depende de cuales sean los errores, pero si, a veces sucede.
Saludos