Cita:
Iniciado por GatorV 
Creo te faltaría hacer un jQuery()->enable(); aunque dejes el código de jQuery() arriba en el <head>.
Yo actualmente así lo tengo en uno de mis sistemas, tengo todo lo de jQuery() en el <head></head> de mi Layout, y en el body tengo un menu, para que se "active" hago un <?php $this->jQuery()->enable()->uiEnable(); ?>
Saludos.
Perdona que no te haya contestado antes pero el tema de las vacaciones es sagrado.
He probado lo que me comentabas y no me funciona, es decir, no se activa jquery en el propio layout.phtml.